点突变只能使同一个物种内的个体得到变异,而要产生新物种,则需要更大规模的改变,这就是基因组重排。如果我们比较相邻物种的基因组,会发现它们的染色体之间存在许多共线性区域。这些共线性区域所有可能的排列顺序,可以用数学上的全排列来评估。
如有一个集合{1, 2, …,n},而{1,2,3,4,5}就是其中一个排列。该集合中所有长度为n的排列数,则称为该集合的全排列。
给定: 一个正整数,代表一个集合的元素个数。
需得: 该集合所有排列的总数(全排列),并且给出排列的列表(顺序不限)。
示例数据
示例结果
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3
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6
7
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6
1 2 3
1 3 2
2 1 3
2 3 1
3 1 2
3 2 1
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Python实现
Enumerating_Gene_Orders.py
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import sys
import itertools
def factorial(n):
if n==0 or n==1:
return 1
else:
return n * factorial(n-1)
def perm(n):
seq = [str(i+1) for i in range(n)]
return factorial(n), itertools.permutations(seq, n)
def test():
return perm(3)[0] == 6
if __name__ == '__main__':
if not test():
print("perm: Failed")
sys.exit(1)
n, p = perm(7)
print(n)
for i in p:
print(" ".join(i))
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- 全排列的数量,等于序列的长度的阶乘
- 全排列,通过Python的itertools.permutations模块计算
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文章作者
公众号:简说基因, 知乎:简佐义
上次更新
2020-12-08
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