我在生物信息学：全景一文中，阐述了生物信息学的应用领域非常广泛。但是有一点是很关键的，就是细胞内的生命活动都遵从中心法则，生物信息学很多时候就是在中心法则上做文章：

  • 分子生物学中心法则：DNA –> RNA –> 蛋白质 –> 细胞表型
  • 基因组中心法则：基因组 –> 转录组 –> 蛋白质组 –> 细胞表型

如何用计算机语言描述生物大分子，以及它们之间如何相互转换，是首先要面对的问题。

问题描述

遗传信息从DNA流向RNA的过程，称为转录。DNA有4张不同的扑克牌，RNA也有4张，唯一的区别是DNA中的T，在RNA中变成了U，因此RNA的4张牌是：A、U、C、G。因此，给定一条与编码链相同的DNA序列，要转录成RNA只需要将T替换成U就可以了。

给定：一条长度至多1000bp的DNA序列。

**需得：**其转录的RNA序列。

示例数据

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GATGGAACTTGACTACGTAAATT

示例结果

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GAUGGAACUUGACUACGUAAAUU

Python实现

Transcribing_DNA_into_RNA.py

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import sys

def transcript(dna):
    return dna.upper().replace('T', 'U')

def test():
    dna  = 'GATGGAACTTGACTACGTAAATT'
    return transcript(dna) == 'GAUGGAACUUGACUACGUAAAUU'

if __name__ == '__main__':
    if not test():
        print("transcript: Failed")
        sys.exit(1)

    with open('rosalind_rna.txt') as fh:
        dna = fh.read()
        rna = transcript(dna)
        print(rna)
  • 只需要将T替换成U就可以了；替换前先用upper()是为了提高程序的健壮性，使得输入序列中含有小写字母时也能转换成功。

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