临床微生物高通量检测，应用场景不同，各种测序技术令人眼花缭乱，但我们可以做如下总结。
- 检测对象：病原体核酸，或人宿主自身核酸
- 测序技术：DNA测序，或RNA测序
- 测序范围：DNA靶向，或DNA非靶向；所有RNA，或部分RNA
进而可以归纳为两大类，四小类测序策略。
- 以微生物核酸为检测对象：
- 病原基因组测序（metagenomic）
- 病原转录组测序（metatranscriptomic）
- 以人宿主自身核酸为检测对象：
- 人基因组测序（DNA-Seq）
- 人转录组测序（RNA-Seq）
目前，”病原微生物基因检测“约等于”病原宏基因组检测“，正如“精准医疗”约等于“肿瘤基因检测”一样。
作为宏基因组的补充，基于多重PCR的靶向测序，具有非常大的应用情景。
而其他技术，如宏转录组、RNA-Seq研究病原与人的互作等目前都还处于探索阶段。
1. 非靶向测序（untargeted NGS，mNGS）
非靶向的宏基因组测序，优势是大而全，不管有多少种微生物感染，理论上都一次给测出来。不仅能测已知病原，还能发现未知病原体。
但是它最大的缺点，就是灵敏度严重依赖于受背景干扰的程度。特别是组织样本，含有大量人体细胞，测出来的数据 99% 都是人的DNA序列。
因此可以说，宏基因组测序，就是大海捞针。而靶向测序，则可与之互为补充。
2. 靶向测序（targeted NGS, tNGS）
靶向扩增子测序是先富集目的DNA序列，再测序。这样可以增加测序数据中目标序列的比例，进而提高检测的灵敏度。
常用于富含DNA的手段有扩增和捕获两种。
扩增： 通过PCR反应增加目的片段的数量。
捕获： 通过核酸探针与目的片段进行杂交，从而抓取目的序列进行测序。
显然，靶向测序只能用于核酸序列已知的病原体的检测。其好处是灵敏度高、成本低。
参考文献：
Chiu C Y , Miller S A . Clinical metagenomics[J]. Nature Reviews Genetics, 2019.
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