生物信息学是一门发展非常迅速的新兴学科，其分析软件和流程在不断完善当中。业内经常举办一些“竞赛”。组织者获得一些问题的金标准“真相”，如组装一个基因组或评估变异检测流程的准确性等，然后邀请业界内成员在一定时限内来竞争解决这些问题。通过比较基于不同方法的结果，组织者可以评估每一种方法的性能，即真阳性和假阳性，真阴性和假阴性，并通过定义灵敏度和特异性来了解选用何种工具。一些竞赛案例如下。
Alignathon——比较基因组比对方法
EGASP——ENCODE基因组注释评价项目
Assemblathon——比较基因组组装软件的效果
GAGE——基因组组装金标准评价
ABRF——生物分子资源设施组织（ABRF）磷酸化评估
CASP——结构预测的重要评估
CAFA——蛋白功能的重要评估
CAGI——基因组解释的重要评估
GIAB——瓶中基因组计划
PrecisionFDA Truth Challenge——精准FDA真理挑战赛