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代码版本控制及托管:我的最佳实践

2020-11-09
生物信息
作为半个IT人,写代码是工作日常,如何进行代码版本控制及托管,本文介绍一下我的最佳实践,其实很容易。 工作或学习过程中写的代码,存在本地的话容
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Aspera:基因组数据高速下载利器,以NCBI和EBI数据下载为例

2020-09-15
生物信息
我们通常用wget或curl下载文件,然而由于NCBI和EBI网站都在国外,有时候下载速度非常慢,如果文件特别大,就可能非常难受甚至是不可能
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病原微生物扩增子数据分析实战(三):vsearch软件鉴定物种组成

2020-09-14
扩增子
病原微生物基因检测的两大核心任务是物种组成和功能组成的鉴定,而扩增子测序的首要目的是找到致病的细菌或者病毒,即鉴定物种组成。 经过质量控制,测
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病原微生物扩增子数据分析实战(二):fastp软件进行质量控制

2020-09-05
扩增子
接上一篇,数据拆分完成后,得到FASTQ文件,下面对数据进行质控。 当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种,FASTQ(Illumina, M
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病原微生物扩增子数据分析实战(一):bcl2fastq软件完成数据拆分

2020-09-03
扩增子
懂得了那么多道理,却依然过不好这一生。 所以理论归理论,最终要落实到分析代码上,咱们从这一篇开始,介绍一套扩增子数据分析流程。 闲话少叙,首先介
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